Ze względu na to, że jej ogniska mogą być zlokalizowane w różnych miejscach, endometrioza jest zaliczana do chorób, które trudno zdiagnozować. Jej objawy nie są jednoznaczne, często zdarza się więc, że pacjentki są leczone w sposób skuteczny w przypadku całkiem innych schorzeń. Nie oznacza to jednak, że pewne sygnały ostrzegawcze nie pojawiają się częściej niż inne.
Z endometriozą kojarzone są przede wszystkim te dolegliwości bólowe, które dają o sobie znać podczas współżycia płciowego. Pacjentki dość często skarżą się jednak również na tak zwane bóle owulacyjne oraz na przewlekłe bóle, do których dochodzi w obrębie miednicy. Bywa jednak i tak, że endometrioza nie wysyła sygnałów jednoznacznie kojarzących się ze schorzeniami ginekologicznymi. U sporej grupy pacjentek jednym z nich jest przewlekłe zmęczenie a także krwawienia z przewodu pokarmowego i krwiomocz sprawiające, że pomocy szuka się przede wszystkim u gastrologa, a nie u ginekologa. Warto w tym miejscu podkreślić, że dolegliwości bólowe świadczą przede wszystkim o umiejscowieniu endometrium, a nie o poziomie zaawansowania choroby.